НК РФ не запрещает принимать НДС к вычету по одному счету-фактуре в разных периодах

Принятие к вычету НДС на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет товаров, за исключением основных средств, оборудования к установке или НМА, нормам НК РФ не противоречит.