Может ли появиться вариант коронавируса, "не видимый" для тест-систем

Тест-системы, разработанные для диагностики заражения изначальным "уханьским" вариантом коронавируса, так же хорошо обнаруживают и измененный "дельта"- штамм, - пояснил "Российской газете" глава центра молекулярно-генетических исследований ДНКОМ Андрей Исаев.

Как тест-системы, разработанные для первоначальных штаммов ковида, определяют новые штаммы?

Андрей Исаев: Штаммы COVID-19 в основном различаются RBD-доменами. Это место S-белка, при помощи которого коронавирус прикрепляется к АСЕ2-рецепторам клеток в организме человека. Чем эффективнее прикрепляется штамм, тем он успешнее в плане эволюции. Но ПЦР-тесты не определяют генетическую последовательность, которая кодирует RBD-домен S-белка. Тест-система ориентируется на другие более консервативные (менее изменчивые) участки, которые кодируют белки коронавируса. Поэтому тест-системы методом ПЦР, которые были созданы на базе "уханьской" версии COVID-19, отлично работают и для "дельта"-штамма.

Штаммы коронавируса отличаются друг от друга очень незначительно. Если взять "уханьский" штамм и "дельту", которая появилась в конце прошлого года, отличие будет буквально в нескольких аминокислотах в RBD-домене. Штаммы генетически совпадают на 99,99 %, поэтому это несущественно с точки зрения ПЦР-диагностики.

Влияет ли вообще штамм на то, определит ли его наличие ПЦР-исследование?

Андрей Исаев: Штамм вообще не влияет на чувствительность тест-систем методом ПЦР.

Может ли вирус мутировать настолько, что анализ, разработанный для старых штаммов, его не определит в мазке? В этом случае понадобится "перенастраивать" тест-систему?

Андрей Исаев: Теоретически все возможно. Но для ПЦР-теста обычно берется две или три (до шести) генетических последовательности из генома коронавируса. И вероятность того, что мутируют все эти 2-3-6 фрагментов, очень мала. Поэтому я не думаю, что в скором времени появится вирус, который будет плохо определяться с помощью существующих ПЦР-исследований.

Тогда каким образом вообще ученые узнают о новых штаммах, если стандартные исследования ПЦР их не определяют?

Андрей Исаев: Ученые узнают о новых штаммах путем секвенирования образцов биоматериала. Сиквенс - это технология, которая позволяет "раскрутить" всю генетическую последовательность вируса и сравнить с теми данными, что есть в библиотеке. ПЦР-тесты рассматривают до шести звеньев ДНК, а сиквенс - всю цепочку.