Státní pozemkový úřad prochází pravidelnými kontrolními činnostmi
Od roku 2014 prošel SPÚ celkem 34 externími kontrolami. Nejrozsáhlejší kontroly byly provedeny ze strany Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ), které se týkaly hospodaření s majetkem a peněžními prostředky státu.